A tanszékek a főiskola oktatási és kutatási alapegységei. Felelősei egy-egy szakterületnek és az adott szakterülethez tartozó tantárgyaknak. A tanszék oktatói kutatási, oktatási és nevelési munkát folytatnak. A tanszék élén a tanszékvezető áll, aki összefogja a különböző beosztású és feladatú munkatársak tevékenységét. A főiskolán jelenleg 5 tanszék működik:

• Ószövetségi tanszék
• Újszövetségi tanszék
• Rendszeres teológiai tanszék
• Gyakorlati teológiai tanszék
• Egyháztörténeti tanszék

A főiskola küldetésértelmezéséből következik, hogy olyan oktatói kart kíván felépíteni, amelynek tagjai azonosulnak a főiskola alapszemléletével és alapelveivel. Emellett nemcsak a felsőoktatási törvény által megkívánt képzettség, tudományos fokozatok és a kutatómunkában való részvétel szempontjait tartjuk szem előtt az oktatók kiválasztásánál, hanem a jó előadókészséget és a lelkiismeretességet az oktatói munka során, valamint a jó kontaktusteremtő képességet a hallgatókkal való kapcsolattartásban.